Hasta la fecha la Fundación ha establecido convenios y acuerdos de cooperación con las siguientes instituciones:
- Instituto Autónomo Fondo Único Social (IAFUS)
- Ministerio del Poder Popular Para la Educación (MPPE)
- Ministerio del Poder Popular Para Ciencia y Tecnología (MCT)
- Ministerio del Poder Popular Para el Ambiente (MPPA)
- Centro de Estudios Gastronómicos de Caracas (CEGA)
- Guardia Nacional de Venezuela
- Hato Santa Luisa
- Hato Masaguaral
- Instituto Nacional de Investigaciones Agrícolas (INIA)
- Servicio Autónomo de Propiedad Intelectual (SAPI)
- Asociación Civil Cluster Frutales de Amazonas
- Asociación Civil Cluster Pato Real de Amazonas
- Provita
- Alcaldía del Municipio Atures
- Gobernación del Estado Amazonas
- Gobernación del Estado Anzoátegui
- Gobernación del Estado Monagas
Por otra parte, FUDECI es miembro fundador del Grupo de Especialistas en Cocodrilos de Venezuela (GECV), del Grupo de Trabajo de Tortugas Continentales de Venezuela y de la Sociedad Venezolana de Herpetología (SVH).